Cette ville doit son existence à Saint Romain de Condat, qui au Vème siècle, désirant trouver un lieu calme pour prier, parti à sa recherche et traversant les forêts du Jura, finit au fond d'une reculée, au confluant de la Bienne et du Tacon. Il s'installa à cet endroit, fut rejoint par son frère, puis par d'autres compagnons. Ainsi naquit Condat, mot venant de "confluent".
Au VIème siècle, la communauté de plus en plus nombreuse s'était transformée en abbaye. Son 4ème abbé, saint Oyant, instaura la vie communautaire selon la règle de Tarnate. Le monastère pris après sa mort le nom de Saint Oyant de Joux. C'est au XIIème siècle, alors que l'abbaye a pris une expension dans toute la région et connait une grande prospérité, qu'est retrouvé entier le corps de saint Claude, un de ses pères abbé de la fin du VIème, début du VIIème siècle. Aussitôt, une foule de pélerins se pressent sur les lieux où des miracles se produisent. Eclipsant toutes les notoriétés passées, le lieu prendra au XIIème siècle le nom de Saint Claude.
En 450 Saint Romain va fonder un monastère sur l'actuel territoire Suisse à Romainmôtier. Le chemin entre les deux monastères est rude et dangereux, traversant d'immenses forêts. Les moines vont envoyer du monde dans ces hauteurs pour défricher et créer des zones d'alpages. Petit à petit de grands espaces seront ouverts de la Combe du lac au lac de Joux.
Les premières constructions de la ville actuelle, autour de l'abbaye dont il ne reste pas grand chose, datent de l'époque Carolingienne époque où l'abbé concédat à des laïcs le droit d'installation à proximité de l'abbaye, évidemment contre paiement d'un droit annuel. De l'abbaye reste une partie de la cathédrale actuelle de Saint Claude qui était une place fortifiée et où seuls les moines avaient le droit de pénétrer.
Au XIIIème siècle sont construits deux ponts pour traverser la Bienne. Forts de leur réputation, avec la construction du pont Saint Bénézet sur le Rhône à Avignon, c'est à cette compagnie : les moines pontifs de Saint-Bénezet qu'en est confié la réalisation. En paiement, ils recevront le droit de jouissance et d'installation sur une partie de la montagne. C'est ainsi que sera créé la petite ville d'Avignon les Saint Claude.
L'abbaye de Saint Claude sera une des plus puissante de France, elle comptera dans sa période de gloire au début du moyen âge jusqu'à 200 moines et aurra une durée de vie de près de 1300 ans.
Avec les visites de plus en plus nombreuses de pélerins, les moines confectionnent des objets souvenir en bois dont la vente leur apporte des revenus supplémentaires. Les habitants de la ville de Saint Claude créent un artisanat également à destination première des pélerins. Au début ce sont des objets de culte, essentiellement des chapelets, des crucifix, puis des petits objets type sifflets, toupies, crécelles. Les méthodes de travail évoluant, ils ont commencé à fabriquer des tuyaux de pipes et des pipes, mais c'est vers le millieu du XIXème siècle qu'avec la pipe de bruyère la ville est véritablement devenue la capitale de la pipe. Ajourd'hui une partie de l'activité économique est encore portée par cette industrie.
C'est la rénovation de l'édit de Nantes qui va faire de Saint Claude une capitale du diamant. En effet, les grands diamentaires parisiens étaient majoritairement protestants et ont émigré vers la Suisse et principalement Genève. Dans le Jura et sur Saint Claude principalement, ils ont trouvé une population d'artisans ayant un savoir faire pouvant s'adapter à la taille des pierres précieuses et capables d'aller sur Paris les représenter. De ce fait de nombreux ateliers de taille de pierres font leur apparition au XVIIème siècle. Au XVIIIème siècle les artisans locaux ont assis leur réputation.
Vers la moitié du XIXème siècle les deux tiers des habitants de la ville travaillent à la taille des pierres, soit près de 900 personnes. Vers 1900, ce sont près de 8000 lapidaires qui travaillent à Saint Claude. Aujourd'hui, ce sont moins de vingt entreprises qui travaillent encore dans ce secteur, avec moins de 200 salariés.
